El Departamento de Certificación, adscrito a la Secretaría General, asegura que en el Sistema de Gestión de la Calidad Corporativo se mantienen eficazmente los procesos certificados.
El Departamento de Certificación, busca mantener el Sistema de Gestión de la Calidad Corporativo, aumentar gradualmente el alcance del sistema y contar con un padrón de auditores internos reconocido en esta máxima casa de estudios por sus competencias y liderazgo con el fin de seguir siendo un referente importante dentro de la Universidad Nacional Autónoma de México