El posgrado constituye la principal estrategia para la formación de científicos y humanistas del más alto nivel y representa la cúspide del proceso educativo en la Universidad Nacional Autónoma de México. En el posgrado se conjugan la enseñanza y la investigación con el propósito de contribuir al desarrollo de la ciencia, la tecnología, las humanidades y las artes para así coadyuvar a la solución de los problemas del país. La Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán participa en seis programas de posgrado de la Universidad Nacional Autónoma de México.